Emerson estudou no Colégio Santa Cecília no Ensino Fundamental, sendo campeão de futsal nas copas CNA, Jogos Escolares do Estado de São Paulo (JESP) e também campeão Brasileiro Escolar em 2008.
Jogou nas categorias de base do Santos Futebol Clube, chegando à equipe profissional em 2011. Foi emprestado ao Palermo da Itália em agosto de 2014 e depois emprestado ao Roma também da Itália em 2015, sendo comprado em definitivo em 2016 por cerca de 2 milhões de euros. Desde 2017, Emerson é naturalizado italiano e defende a seleção europeia.
Em janeiro de 2018, foi vendido ao Chelsea por cerca de 20 milhões de euros, assinando contrato por quatro anos.
