Mesmo sem ter participado de todas as competições nacionais, principalmente no período de inverno, a Universidade Santa Cecília (UNISANTA), pelo quarto ano consecutivo, encerra a temporada entre as três melhores do ranking nacional de clubes, figurando no terceiro lugar, com 239 pontos. A UNISANTA figura como a número 1 entre os estabelecimentos de ensino vinculados à natação de alto rendimento do País, e a única a figurar no Top Five, relação das cinco maiores potências do esporte no Brasil.
Neste ano, a UNISANTA conquistou os títulos de campeã brasileira júnior de inverno, vice-campeã brasileira sênior (Troféu Daltely Guimarães), vice-campeã brasileira absoluta de inverno (Troféu José Finkel) e vice-campeã brasileira de verão (Troféu Brasil), além de ter sido terceira colocada no Brasileiro Juvenil (Troféu Carlos Campos Sobrinho).
A UNISANTA segue como a única instituição não sediada em capital a ostentar títulos de campeã brasileira, sendo cinco no total: Brasileiro Juvenil de 98, no Recife; tricampeã brasileira sênior de 2003 a 2005, e campeã brasileira júnior.
O Minas Tênis Clube foi o vencedor do ranking brasileiro de clubes de natação em 2006, com 325 pontos, tendo participado de todos os campeonatos disputados na temporada. O EC Pinheiros ficou em segundo lugar, com 256. Nos quarto e quinto lugares ficaram Corinthians (238) e Botafogo (169), respectivamente.