A UNISANTA desenvolve três grandes linhas de pesquisas internacionais, duas com apoio da União Européia e uma da Cátedra Unesco:
1- Pós-Doutorado. As revistas Ciencias Marinas, da Universidade da Baixa Califórnia, Estados Unidos, e Marine Pollution Bulletin, esta da Editora Elsevier, publicaram trabalhos paralelos à pesquisa de pós-doutoramento concluída na Espanha pelo dr. Augusto César, biólogo da UNISANTA. O Estudo Ecotoxicológico Integrado em Sistemas Estuarinos e Portuários Atlânticos, realizado de março de 2004 a junho de 2005, analisou amostras de água e sedimentos marinhos nos estuários de Santos e São Vicente, Brasil, além de nas Baías de Cádiz, Huelva e Algeciras, na Espanha. Os resultados estão sendo divulgados em revistas científicas internacionais.
2- Mestrado europeu na UNISANTA – Três universidades brasileiras estão integradas no Projeto Erasmus Mundus, sendo a UNISANTA é a única particular. A cooperação se desenvolve com Universidades de Algarve (Portugal), Bergen (Noruega), Cádiz (Espanha) e Plimouth (Inglaterra).
O objetivo é estabelecer uma ampla plataforma multidisciplinar de estudo da água, permitindo linhas de pesquisa orientadas ao gerenciamento costeiro associado à história, política, manejo e ecologia.
Com esse propósito, o pesquisador Rodrigo Brasil Choueri, mestre pela Universidade Federal de São Carlos, desenvolve pesquisas de sua dissertação no Laboratório de Ecotoxicologia da UNISANTA. Ele teve aulas teóricas com Augusto César, na Espanha, e agora cumpre módulos práticos.
3- Projeto EcoManage – Sistema Integrado de Gerenciamento Ecológico de Zonas Costeiras: as coletas no estuário foram retomadas em agosto e o próximo encontro internacional será em Lisboa, de 26 a 30/09, com a participação de quatro grupos de pesquisadores da UNISANTA, de diversas áreas.